デメリットと不確定要素・問題点などを列記してみます
(メリットはこちら)

●国補助金（住宅用太陽光発電導入促進事業）が平成17年度をもって終了

NEDO(独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構)の補助金制度や　地域によっては地方自治体の補助金制度がありますので各行政機関に問い合わせてみてください

また、福田内閣で補助金制度の復活の動きもあります。

※追記：平成21年度に補助金制度は復活しました

●10年に一度の売電メーターの交換が義務付けられている

以前は無料でしたが、システム導入する家庭が増えた事から有料化になりました
今から10年後の交換時にメーターが幾らになっているかわかりませんが、予算に組み込む必要があります
例えば10年後に1万5千円の売電メーターと交換した場合
15,000円　割る　120(10年x12ヶ月)＝125
売電メーターの交換に積み立てたとして月に125円の負担になります

これとは別に、メーカー側は消耗品とは認めていませんがパワーコンディショナーの寿命は10～15年なので、30年稼動したとして1・2回交換する必要があります

●システムが日々進化しているので待った方が良いのではないか？

私が1998年に家を建てた当時、既に余った電力を電力会社が買い取ってくれる住宅用太陽光発電システムはあり、国からの補助金制度も存在しました。
当時、工務店から勧められた金額はズバリ「500万です」と言われました
それから10年経って半額以下で設置できるようになり、ソーラーパネルや各種装置の効率も良くなっています

当時は見合わせましたが、それから10年で200万で設置ができる時代になりました
・・・500万で設置したとして差額の300万をソーラーシステム10年で稼げたとは思えません
しかも10年で装置もかなり劣化していると考えられます。

エコという観点からは導入した方が良かったのかもしれませんが、10年前に導入していたとしても今導入した金額・効率の事を考えると損失と後悔ばかりだったと思います

曇りの日でも発電できる「フィルム状の太陽電池」などメーカーの開発は急速に進んでいるので、これからも驚く程の進化をしてゆくと考えられますので、導入を考えていても時期は悩ましいところです

参考までに、シャープでは2010年稼働予定の堺工場で太陽電池の大量生産を始めるため、さらなる発電コストの低下が期待されています
昭和電工 (4004) などは家庭やオフィスなど光が弱い屋内でも発電するフィルム状太陽電池の量産を開始すると発表しており、今後一番注目が集まる太陽電池です

●蓄電設備がない

バッテリー(蓄電池)に蓄電しないので、夜間や天候の悪い日には電力を買う
実際、蓄電は可能ですが蓄電するシステムを導入するには数百万～一千万と言われています

●破損や劣化・環境変化などの将来への不安

一応メーカー保障などはあるが、各装置の劣化や破損など損益分岐点まで何の保障も無い
例えばソーラーパネルの寿命は20～30年と言われます5年を過ぎると劣化が始まります

その他、隣に高いビルが建ったり先の読めない不安要因が良く取り挙げられます
日本には売電価格を保障する【フィードインタリフ制】が無い為、数十年後まで売電をあてにして設置できないという売電への不安要因もあります

市場拡大が顕著な欧州では【フィード・イン・タリフ制】を採用しています。
フィードインタリフ制とは、ドイツが2004 年に導入した電力の買取制度

エネルギーの買い取り価格を法律で定める方式の助成制度で、導入した時期によって一定期間の価格が固定されるのが特徴であり、固定価格制とも呼ばれています
電力会社が従来の電力より割高で買い取るよう義務付け、買い取りは20 年間保証されます

ちなみにドイツでの電力の買い取り価格は電力の3倍
この破格の値段によりドイツは太陽発電ナンバー1の座を日本から奪い取った

何を助成するより日本も売電価格を保障するこの制度を導入する事が大切でしょう

●緯度や気候による年間日射量の違い

（天候に左右される）

年間日照時間の図参照

●ガス会社への違約金の発生

プロパンガスを使用している場合、違約金とメーターなどの撤去費用が掛かる事があります
5・6万円～数十万円請求されたりしますので、ガス会社との契約書を読んでおく必要があります